Existují 4 základní stupně obtížnosti. Stupeň obtížnosti lze průběžně měnit v nastavení hry.
Peaceful (Mírumilovná) - Nejsou zde žádní nepřátelé kromě Enderdragona, hráči se průběžně doplňují životy a je vypnut hlad.
Easy (Lehká) - Hráč dostává menší zranění od nepřátel a výbuchů, při hladovění se život sníží na polovinu (5 srdcí). Ve tmě se objevují příšery, které útočí na hráče.
Normal (Střední/Normální) - Normální obtížnost hry, při hladovění hráči zůstane jen půl srdce (1 bod života). Ve tmě se objevují příšery, které útočí na hráče a jeskynní pavouci mohou hráče otrávit.
Hard (Těžká) - Hráč dostává větší zranění od nepřátel a výbuchů, zombie mohou ničit dveře a hráč může vyhladovět k smrti. Ve tmě se objevují příšery, které útočí na hráče a jeskynní pavouci mohou hráče otrávit.